По сохранившимся записям Вриенния, Никифор начинал свою деятельность главнокомандующим восточными войсками в 1077 г. На должность эту его назначил правящий император Михаил VII. Спустя время Никифор стал поднимать народ на восстание, собирая войска по всей Азии. После того, как Никоя поддержала идею восстания, Азию охватила мятежная лихорадка, не минувшая и столицу. Михаил бросил трон и постригся в монахи. Никифор, будучи в преклонном возрасте, принял власть и взял в жены императрицу Марину. Завоевывая любовь граждан, Никифор сорил деньгами, пока не почувствовал скудность средств. Войны в стране не прекращались, но император был стар и не участвовал в походах. То там, то здесь поднимались мятежи – на западе их возглавляли Никифор Вриенний, Никифор Василиаки, а в 1080 мятеж возглавил Никифор Мелиссин.
Власть больше не могла оставаться в руках Никифора Вотаниата. В феврале 1081 г. против императора был поднят мятеж, возглавлял его Комнин. Мужество Никифора, отмеченное современниками в годы его воинской славы, к старости покинуло его. По рекомендации патриарха Никифор отказался от престола и принял постриг.
