Памятники Акрополя пережили разрушительное воздействие прошедших веков. До 17 в. иностранные путешественники, посещавшие комплекс, описывали классические сооружения как "неповрежденные".
В середине века, в период турецкого ига Пропилеи были взорваны, так как использовались в качестве порохового склада. Тридцатью годами позже турки разобрали соседний храм богини Ники Аптерос (Бескрылой), чтобы сделать из его блоков защитные сооружения в Акрополе. Но наибольшие разрушения Акрополю принес 1687 г., когда большая часть архитектурного комплекса взлетела на воздух и рассыпалась обломками вокруг холма после прямого попадания снаряда с венецианского судна.
В дальнейшем иностранные посетители бродили среди развалин и разбирали куски античных скульптур на сувениры. А в 19 в. британский лорд Элгин вывез уцелевшие части фриза, метопы и фронтоны здания. В 1833 г. турецкий гарнизон был отозван из Акрополя.
Сразу же после создания Греческого государства начались дискуссии по поводу строительства музея Акрополя. В 1863 г. было принято решение, что музей будет расположен к юго-западу от Парфенона, и 30 декабря 1865 г. был заложен его фундамент. В конструкции здания было предусмотрено, чтобы высота музея не превышала высоту верхней части ступенчатого цоколя Парфенона.
Прошло совсем немного времени, и стало понятно, что здание музея площадью всего 800 кв. м не способно вместить все находки, сделанные в ходе археологических раскопок, начавшихся в 1886 г. Второй музей Акрополя был создан в 1888 г. и носил название Малого музея. Окончательные изменения произошли в 1946-1947 гг, когда второй музей был разрушен и была увеличена площадь первого здания.
К 1970 г. музей уже физически не справлялся с потоком посетителей. Тесное пространство, нерационально заполненное экспонатами, вызывало дискомфорт и снижало общее впечатление от посещения выставки шедевров древней культуры.
В сентябре 1976 г. Константинос Караманлис ( в то время премьер-министр Греции) выдвинул идею о создании Нового музея Акрополя. Он также выбрал место, на котором спустя десятилетия и было построено новое здание музея. Талантливый и дальновидный политик указал на необходимость создания Нового музея Акрополя и выделил средства на строительство здания, оборудованного всеми современными техническими средствами, необходимыми для обеспечения сохранности бесценных произведений искусства, также в надежде на возвращение всех скульптур Парфенона.
С этой целью в 1976 и 1979 гг. были проведены два конкурса на лучший проект, которые не увенчались успехом. В 1989 г. министр культуры Греции Мелина Меркури, чья политическая деятельность была направлена на возвращение мрамора Парфенона из Британского музея на родину, стала инициатором проведения международного архитектурного конкурса. Но в планы вмешались новые обстоятельства - на месте строительства музея, в квартале Макриянни, археологами были обнаружены остатки крупного городского поселения, датируемого периодом от архаичной до раннехристианской эпохи. Находки были столь интересны и значительны, что их необходимо было сделать частью экспозиции строящегося музейного комплекса.
В 2000 г. комитет по строительству музея Акрополя вновь объявил тендер, который был проведен в соответствии с директивами Евросоюза. В конкурсе победил проект Бернарда Шуми при участии Михаэля Фотиадиса и их сотрудников. Строительство музея завершилось в 2007 г.
В настоящее время Новый музей Акрополя, общая площадь которого составляет 25 тысяч квадратных метров, имеет выставочные площади свыше 14 тысяч квадратных метров, что в десять раз превышает выставочную площадь старого музея. Новое здание музея полностью соответствует всем требованиям, предъявляемым к современным музеям международного значения 21 века.
