Пребывая в Стомио, отец Паисий занимался не только делом устроительства обители. Провел он и огромную духовную работу: его усилиями вернулись к православию многие уклонившиеся в протестантизм семьи. За мудрость, человеколюбие и скромность отец Паисий снискал всеобщие любовь и уважение. Он помогал нуждающимся, не жалея отдавая свое; выслушивал, утешал и поддерживал отчаявшихся, наполняя их души верой.
Духовный поиск заставит отца Паисия покинуть монастырь в Стомио. Его путь лежал на Синай. Старец поселится в пустыне в келье святых мучеников Галактиона и Епистимии. Он усердно молился, держал строгий пост, а также занимался ручным трудом - мастерил деревянные кресты для продажи паломникам, а на вырученные деньги кормил бедуинов, которые очень его полюбили.
После Синая старец Паисий вновь вернется на Афон и поселится в Иверском скиту. В 1966 году случится несчастье: из-за тяжелой болезни ему отнимут часть легких, а хирургическое вмешательство даст осложнения на глаза.
Старец смиренно все примет и даже поблагодарит Бога за то, что из телесного недуга вынес пользу для души: «Раньше, читая в Священном Писании о Страстях Господних, я воспринимал это как исторический факт. И о мучениях святых – также. Отныне же я буду им сопереживать, потому что и самому мне довелось пережить небольшую боль».
Еще до операции, когда отец Паисий находился в больнице, к нему обратились с просьбой организовать женский монастырь с афонским уставом. После выписки из больницы старец нашел место для строительства обители - недалеко от Салоник в поселении Суроти. Здесь и будет основан монастырь Иоанна Богослова, где сразу же начнут селиться сестры. Отец Паисисий до возвращения на Афон, пока здоровье его окончательно не окрепло, оставался в Суроти, помогая сестрам в устроении обители. Впоследствии, игуменья Филофея вспоминала, что уже тогда, в относительно молодом возрасте, отец Паисий обладал поистине старческой мудростью и вникал в сложнейшие духовные переживания. Монахиням он всегда помогал советом, и, даже поселившись вновь на Афоне, переписывался с сестрами. До самой своей кончины старец Паисий опекал монастырь Иоанна Богослова.
Женский монастырь Иоанна Богослова, Суроти. Фото с сайта - 2.bp.blogspot.com
Окончательно оправившись после операции, отец Паисий вернулся на Святую гору, где поселился в Ипатьевской келье монастыря Великая Лавра. Тем временем, слава о его мудрости и добродетели распространилась далеко за пределы Святой горы, к нему за советом и благословением начали приезжать сотни людей.
В 1979 году старец Паисий вновь отправится в Кутлумуш. Он поселится отшельником в заброшенной келье Панагуда. Сюда для беседы со старцем последуют толпы. Людей было так много, что вскоре появились даже специальные знаки, указывающие путь к келье старца. К нему не только приезжали, но и слали письма с просьбами о помощи. Отец Паисий не отказывал никому, отдыхая всего по несколько часов в сутки. Несмотря ни на толпы паломников, ни на болезнь, он продолжал вести суровую аскетическую жизнь, что сказывалось на его здоровье.
Преподобный Паисий Афонский. Фото с сайта - 3.bp.blogspot.com
В 1993 году у старца открылось кровотечение, но от госпитализации он отказался, сказав, «что все само уйдет с землей».
В ноябре того же года отец Паисий в последний раз покинет Святую гору и отправится в Суроти на празднование в честь святого Арсения. Старец уже собирался вернуться на Афон, когда здоровье его резко ухудшилось. Врачи диагностировали опухоль в кишечнике.
Несмотря даже на то, что опухоль дала метастазы в легкие и печень, старец намеревался вернуться в свою келью на Святую гору. Однако внезапное обострение ему этого сделать не позволило. Вынужденно старец Паисий остался в Суроти.
Преподобный Паисий Афонский. Фото с сайта - 1.bp.blogspot.com
В последние дни своей жизни отец Паисий, уже не встававший с постели, отказался от приема лекарств, перенося нестерпимую боль. 11 июля 1994 года он принял последнее причастие, и в 11 часов утра следующего дня скончался.