После победного завершения борьбы с османами, появилось новое государство - Греческое королевство. В мае 1832 года на Лондонской конференции королем Греции был провозглашен шестнадцатилетний Оттон, сын Баварского короля Людвига I.

Король Греции Оттон. Изображение с сайта - wikimedia.org
Церковь на освобожденных греческих территориях по-прежнему оставалась неотделимой частью Константинопольского патриархата, но продолжавшееся напряжение между Османской империей и Греческим королевством затрудняли общение греческих епархий с Константинополем. Предлагались разные решения возникшей проблемы.
Бразды правления в свои руки взяла особая Комиссия при короле, которая постановила провозгласить автокефалию (независимость) Греческой церкви. Это решение шло вразрез с церковным правом, ведь ни Константинополь, ни одна из других Поместных церквей не признала независимости.
Только в 1850 году Константинопольский патриарх Анфим IV признал автокефалию Греческой православной церкви во главе с архиепископом Афинским. Так было восстановлено общение Греческой церкви с другими православными церквами.
Сегодня церковь Греции называют Элладской православной церковью. Во главе ее архиепископ Афинский и Всея Эллады Иероним II. Однако не все территории современной Греции подчиняются Элладской церкви: Вселенский патриархат оставил в своем подчинении Святую Гору Афон. Острова Додеканеса и Крит, последними вошедшие в состав Греции, – также в ведении Константинопольской церкви.
По Конституции Греции, православие – религия государственная, и значит это очень многое. Например, заседания Парламента не начинаются без благословения главы Элладской церкви.
Так, при всей древности своей истории, современная Греческая церковь как структура очень молода.